Naturbeobachtungen waren hier früher nur sehr eingeschränkt möglich. Denn mitten durch den Schaalsee verlief einst die unmenschliche Grenze, die Ost- und Westdeutschland trennte. Heute ist es "nur noch" die Landesgrenze zwischen Schleswig-Holstein und Mecklenburg-Vorpommern. Die Westseite des Schaalsees wurde schon 1960 als Naturpark "Lauenburgische Seen" unter Schutz gestellt. Auf der Ostseite des Schaalsees gab es seit 1990 ebenfalls einen Naturpark, der im Jahr 2000 von der Unesco offiziell als Biosphärenreservat anerkannt wurde. Das Großschutz­gebiet hat eine Gesamtfläche von 309 Quadratkilometern. Kernstück ist der 24 Quadratkilometer große Schaalsee. Das Reservat ist geprägt von naturnahen Buchen- und Bruchwäldern, Mooren, zahlreichen Seen und Kleingewässern. Aber auch der Mensch hat seine Handschrift hinterlassen und so gehören Weideland, Feuchtwiesen und Äcker ebenso zum Landschaftsbild.

Im Biosphärenreservat gibt es insgesamt 18 Naturschutzgebiete, die etwa 25 Prozent der Fläche bedecken. Je nach Schutzstatus ist auch in Naturschutz­gebieten das Wirtschaften, allerdings unter bestimmten Auflagen, möglich. Nur in der Kernzone findet keinerlei wirtschaftliche Nutzung statt.

Die Vielzahl von Biotoptypen macht es möglich, dass sich viele seltene und bedrohte Pflanzenarten hier wohl fühlen. Und auch die Tierwelt in der Region ist einzigartig. Neben der besonderen Bedeutung für rastende und überwinternde Vogelarten bietet die Schaalsee-Region auch dem Fischotter eine Heimat. Trockenwarme Standorte bilden Lebensräume für seltene Spinnen, Heuschrecken, Laufkäfer und Schmetterlinge. In den Gewässern tummeln sich rund 30 Fischarten. Auch Amphibien und Libellen nutzen die Gewässerstrukturen.